Si se trata del pago realizado, es muy posible que tengas tú los justificantes. Normalmente será una transferencia anterior a la factura que hiciste a la gestoría que llevó el asunto.
Lo primero sería interesante saber por qué no le valen a Hacienda las facturas que tienes. Si son facturas de notaría, ahora te mandarían un duplicado de las mismas. A ver si es que tu gestoría no se aclara.
Creo que deberías consultar los estatutos de la comunidad y las ordenanzas municipales, más que para saber si puedes alquilar por partes, para saber si puedes hacer la obra para obtener esos trasteros.
Obviando lo que pueda concernir a licencias de obra y/o permisos de la comunidad, hay que darse de alta en Hacienda a efectos de IVA, repercutir el IVA, liquidar trimestralmente el IVA y llevar un sencillo libro de ingresos y gastos con el IVA desglosado. El alquiler tributa en IRPF como rendimientos del capital inmobiliario.