Te has explicado perfectamente.
Si la discrepancia es por el importe que indicas (812,64 €) yo no rectificaría nada de años anteriores. Me limitaría a recoger en el último impuesto el balance de liquidación. Por ese importe, Hacienda no dirá nada porque nada hay que "rascar".
Lo correcto es poner el balance de liquidación. En los anteriores no hay nada que modificar si lo incluido en el 200 coincide con las cuentas anuales que, supongo, se hicieron.
Si hubo amonestación, dudo mucho que sea falta muy grave. Habría que ver tu convenio colectivo y la carta que te mandaron.
Lo mejor es que consultes con un abogado o con un sindicato.
Supongo, aunque no lo sé a ciencia cierta, que el éxito de Arriaga radica en que se corren pocos riesgos a la hora de pleitear por minimizar los costes en caso de perder el pleito. En tu caso, de lo que has ganado sólo obtienes el 25% aproximadamente. Pero, ¿si pierdes el pleito, sólo pagas la cantidad inicial, o sea 200 €? Me imagino que si pleiteas al estilo tradicional y pierdes, te abrasan entre los honorarios de tu abogado y procurador y las posibles costas.
Si eres el administrador de la SL, necesariamente tienes que darte de alta en autónomos, salvo que haya alguna persona contratada para las funciones de dirección y gerencia.