Lo tienes complicado, salvo que llegues a un acuerdo con él para venderle tus participaciones.Solamente hay una posibilidad en el caso de tener beneficios y sin dividendos y habiendo votado en contra en la junta.Mientras tanto, puedes ejercer tus derechos: información, asistencia y voto en juntas, etc.
Vuelvo a decir que si cumple requisitos, el mismo documento puede ser recibo y factura.Lo del IRPF es que si hay retención y no figura, el importe será distinto del realmente cobrado.
La factura no es para pedir dinero, es el justificante del servicio prestado en este caso. De hecho, en el caso de pagos al contado, también es obligatoria la factura.Podrías hacer que ese recibo haga las funciones de factura, si cumple los requisitos que se indican en el reglamento que te puse. El IVA debe figurar obligatoriamente y el IRPF es recomendable que figure porque si no el recibo no cuadrará con el pago.
Si el recibo es solamente recibo, no hay obligaciones legales al respecto. Si además es factura, hay que hacerlo constar y debe reunir los requisitos del Reglamento de Facturación (ver Cap II):http://noticias.juridicas.com/base_datos/Fiscal/rd1619-2012.html
En general, la Seguridad Social se conforma con que uno de los administradores esté de alta en autónomos. No obstante, si los dos vais a percibir remuneración como administradores, tendréis que daros de alta los dos.
Una cosa es el trabajo como administrador y otra diferente es el trabajo "normal". No es lo mismo ser administrador de un restaurante (por ejemplo) que ser el cocinero del mismo. Si, además de administradores, vais a tener trabajo "normal", tendréis que plantearlo de otra forma, como empleados o profesionales si es el caso.