La tributación de la venta vehículo, en el caso de que haya estado afecto a la actividad como establece el artículo 29 LIRPF, supondrá una ganancia/pérdida patrimonial, por diferencia entre el valor de adquisición, menos las amortizaciones practicadas(deducidas fiscalmente) y el valor de venta. La ganancia/pérdida va a la renta del ahorro al 19-21%.
Lo de si te conviene o no hacerlo fiscalmente, es una pregunta un tanto general, sobre la que no sé que responderte. Depende de si puedes amortizar más de lo que amortizas o no -que yo no lo sé-, de si ganas o pierdes dinero como autónoma, etc...
En este post, en el apartado de legalizaciones, que creo que es lo que me estás preguntando, te dice cómo se legalizan los libros:
http://www.rankia.com/blog/avalino/363397-obligaciones-contables-registrales
Con respecto a la disolución y liquidación de la sociedad, como impepinablemente vas a tener que ir a parar al Notario, mi consejo es que desde ya te vayas a la Notaría con la que trabajes y que digan lo que les tienes que aportar -no te van a cobrar nada por la consulta-. Sé que no te ayudo mucho, pero cuando me hablas de proceso, ese, para mí, sería el primer paso.
Sí se aplica a todas las comunidades; pero cada una aplicará el % que tenga aprobado por el concepto AJD; y si no tiene ninguno, el 0,5%. En la Comunidad Valenciana, por ejemplo, se aplica el 1%.