Reclamar discrepancias con la reclamación de cobros indebidos no te paraliza el IMV, pero ya te anticipo que la Seguridad Social suele llevar razón CASI SIEMPRE en las cantidades que te reclaman porque se basan en la información fiscal e IRPF de ingresos que hayáis declarado... otra cosa es que tuvieses un fallo al hacer el IRPF (declarando ingresos que no correspondían, por ejemplo ha sido un fallo habitual de la gente declarar como ingresos la RAI por VG cuando no hay que hacerlo), que luego hicieses una declaración rectificativa de dicho IRPF y que todavía no se haya tenido en cuenta por parte de Hacienda y la Seguridad Social, si fuese ese tu caso (IRPF de ese ejercicio rectificado) pues aún aún podrías tener la opción de poner reclamación sobre los cobros indebidos acreditando todo lo que necesites dejar constancia.
De todas formas si ya tienes claro que llevas razón, pues adelante con la reclamación.