No, una RAI por VG no se descuenta del IMV (tambien es verdad que en la revisión de mayo puede parecer que se descuenta pero luego en la revisión de octubre, ya revisándote con el IRPF real, lo solucionan y te la dejan de considerar ingresos a descontar) ... el "truco" está en que las ayudas concedidas por violencia de género no se deben reflejar como ingresos en la declaración de la renta, algo que no todo el mundo aplica correctamente, pero si tu has hecho bien tu declaración de la renta, en la misma no deben aparecerte como ingresos ni el IMV ni una RAI por violencia de genero ni otras ayudas recibidas por violencia de género, por lo que al IMV que te conceden no le restan dichas ayudas.
Si has cometido el fallo (tu o el asesor que te haya realizado la declaración de la renta) de considerarte esas ayudas como ingresos, y obviamente te han afectado a tu IMV bajándotelo, lo que se debe hacer es rectificar dichas declaraciones de la renta y comunicarlo en la Seguridad Social mediante reclamación previa... el problema es que si cometes el error, desde que te das cuenta, lo solucionas en Hacienda y reclama y te dan una respuesta en la Seguridad Social solucionándote el asunto pueden pasar varios años, por eso es vital hacer bien el IRPF siempre.