Si te han hecho una complementaria, te habrá salido a pagar, y lo tienes que abonar hoy porque la estás presentando fuera de plazo. Luego, queda que te devuelvan el total de lo que solicitaste en tu primera declaración.
Esa "multa" que te pueden poner (digo "pueden" porque, a veces, si es la primera vez que presentas una declaración fuera de plazo, no lo ponen) es un recargo del 4% del importe que has pagado hoy (1% + otro 1% adicional por cada mes completo de retraso). No te quitan ese importe de la devolución, sino que te llegará una comunicación (en un mes o dos) con una propuesta y, posteriormente, ya otra comunicación con la liquidación. En esa última comunicación vienen las "cartas de pago" para abonarlo, y es lo que podrás llevar a la gestoría.