Compra de local ( en españa ) a español residente en brasil

voy a comprar un local en mi ciudad . 
la persona propietaria es española , pero reside desde hace bastantes años en brasil  . alli tiene su vivienda , cuenta bancaria , ...
viene puntualmente 2 veces al año , en navidades y verano . la idea seria aprovechar una de esas visitas para formalizar la compra .
todavia no esta 100 % confirmados el precio y la forma de pago , pero estamos cerca de cerrrarlo . 

la pregunta seria cual es la mejor forma para hacerle el pago del dinero ( unos 35000- 40000 euros ) .

en el banco me dicen que un cheque bancario ( me dicen que la comision seria de unos 100 euros - me parece poco , no se si habrá mas gastos que no me han querido decir ) .  se le daria ante el notario en el momento de la escritura .  ¿ QUE OS PARECE ESTA OPCION ?  ¿ SABEIS DE OTRA ? me han hablado de una aplicacion movil que tiene pocas comisiones , pero no me fio mucho de estas cosas .

por otro lado la persona propietaria quiere que buena parte se lo pague en B y en efectivo . no se si puedo tener problemas de pagarle asi , si puede
sacar cierta cantidad de dinero en efectivo por la aduana o aeropuerto y que despues me pidan cuentas a mi , ....

agradeceria asesoramiento .

legalmente, esa operación no creo que puedas hacerla en efectivo porque el límite es de 10.000 euros al intervenir un no residente en España.
https://sede.agenciatributaria.gob.es/Sede/colaborar-agencia-tributaria/denuncias/denuncia-pagos-efectivo.html
Si te está pidiendo una parte en "negro", lo cual no es una buena opción para ti ya que tendrás un valor menor a futuro de ese inmueble, mira cuál es el valor mínimo de refencia para Hacienda que tenéis que declarar, de otra manera te puedes meter en problemas (que te acaben exigiendo pagar el ITP por el exceso)
https://www1.sedecatastro.gob.es/Accesos/SECAccvr.aspx

Y ten en cuenta que al ser no residente, tienes que retener un 3% del precio e ingreso a cuenta para el IRNR (renta no residentes) que esa persona tiene que liquidar. Si no, pueden exigírtelo a ti posteriormente.

Sobre la forma de pagar alternativa, que dé garantía a ambas partes, ni idea; imagino que el vendedor deberia exigir un cheque en el que haya garantía de que los fondos están disponibles -un cheque bancario nominativo, mira la comisión del banco en su libro de tarifas que debería estar online- o una transferencia urgente, para no encontrarse con la "sorpresa" de que no recibe el dinero con un cheque sin fondos o que la transferencia a posteriori nunca llega,  y el vendedor lo mismo, pues si haces antes una transferencia, existe el riesgo de que la otra parte no se presente.

El no residente puede sacar legalmente hasta 10.000 € en efectivo por la aduana.
No hay límite legal para que le pagases todo en efectivo, pero existe ese límite práctico.

Lo que vaya en B, no existe legalmente, y Rankia no es un foro donde aconsejarte al respecto.

Sobre otras formas de pago, hay que tener en cuenta que el destino bancario es Brasil, y me parece que no hay opciones de transferencias instantáneas España-Brasil.
El cheque bancario conformado posiblemente sea la mejor opción.

Hay que tener en cuenta también el aspecto tributario. Como adquieres a un no residente, debes retenerle e ingresar en hacienda el 3 % del valor de compra, en el plazo de 1 mes, y el vendedor tiene también un plazo de 1 mes para liquidar el IRNR de la ganancia patrimonial (si la hubiese).
Supongo que el notario os informará de todos esos detalles.