Varias apreciaciones;
indicame si he entendido correctamente la situación que planteas;matrimonio en proceso de divorcio con dos inmuebles sobre los que pesa hipoteca en cada uno de ellos; finalmente el divorcio se materializa y cada uno se asigna una de las propiedades(debo entender que con eso quieres decir que cada uno es jurídicamente propietario del 100% del inmueble que se le asigna y que sin embargo ambos prestamos siguen estando al 50%)
Tu ex mujer podrá seguir deduciendose el 50% de las cantidades que vaya pagando de la que es su vivienda habitual (que entiendo que es la que había sido la vivienda habitual del matrimonio) el otro 50 % no se lo puede deducir por varias razones:
-porque la adquisición de ese 50% se realiza con posterioridad al 01-01-2013
-porque consta como titular exclusivamente del 50% del préstamo hipotecario
-porque la ley indica que para poder deducirse una vivienda habitual el contribuyente tiene que haber superado las bases de deducciones que se ha practicado en anteriores viviendas habituales.
En tu caso el 50% adquirido con posterioridad a 01-01-2013 ya ni lo consideramos ya que evidentemente bajo ningún concepto se podrá deducir.
En cuanto al anterior 50% del cual ya eras propietario con anterioridad a 01-01-2013 permiteme
preguntarte en que fecha ha pasado ésta a ser de forma efectiva tu vivienda habitual;debo entender que lo ha sido en una fecha posterior al 01-01-2013 y como la ley especifica que para poder aplicar el régimen transitorio que con anterioridad a 2013 ya se hubiera practicado deducción(evidentemente por esta vivienda con anterioridad a 2013 no te deducías nada ya que no era tu vivienda habitual era la segunda residencia del matrimonio) la respuesta salvo mejor opinión en contrario es que tampoco podrás deducirte nada por ese 50%.
Permiteme dejarte aquí una consulta del informa de la AEAT que sin ser específicamente tu caso si hace referencia a una separacion matrimonial y a la asignación de la que fue la vivienda habitual del matrimonio a uno de los cónyuges.
133647-SEPARACION MATRIMONIAL: ADQUISICIÓN 50% VIVIENDA DEL OTRO CONYUGE