Recuerda como funciona el sistema administrativo, primero SAC, esperar respuesta, o si no la hay tras dos meses puedes ir al Banco de España, y que tener la atención de escribir primero a la oficina para que rectifiquen, es voluntario, en tu caso, si hay buena relación creo que es recomendable, ahora bien, ten en cuenta que si el "buen rollo" es solo de imagen, el proceso deberás reiniciarlo de nuevo a partir del SAC.
En todo caso lo relevante es que tus liquidaciones no cuadran con el contrato, por lo tanto es irrelevante lo que diga un ordenador, lo que vale es la escritura, son los programas informáticos los que se adaptarán al contrato, nunca al revés, si me permites Carolina, aprieta por ahí, si su programa calcula mal, pues que calcule bien, es su problema, no el tuyo ....
Luego otra cosa .... que creo que es muy importante, asegúrate bien de que el contrato no corrige esto por ningún lado, que estés seguro que no habla de suelo, porque luego cambiar el planteamiento no es buena idea ...
Recuerda que las resoluciones del SAC son vinculantes para la entidad, le obligan a cumplir, por el contrario el Banco de España emite informes, recomendaciones, códigos de buenas prácticas, pero si el banco no quiere cumplir no lo hace y a ti solo te quedaría ir a un juez que les obligue, por lo tanto como parece que el caso es claro, ya que lo que vale es lo que se ha pactado por contrato, no un jodido ordenador, que por fortuna no es ley, te interesa que el SAC de pronuncie, ya que parece que se verá obligado a admitir tu reclamación, mal que les pese, con lo cual al ser su resolución vinculante para BMN, no corras al día 61 a escribir al Banco de España, ten paciencia, si se retrasan, que le vamos a hacer, pero a partir del momento en que mandes la queja al BdE, de alguna forma el SAC "se retira" y esto no te interesa, puede que en otros casos no tan claros como el tuyo lo el SAC es un mero trámite, del que poco o nada se espera, tu caso parece que si "se espera" algo positivo ... es que no tienen otra, al menos así lo entiendo yo ....
Es posible que ante tanta evidencia intenten pactar contigo un acuerdo, por ejemplo .. vale aceptamos arreglar esto pero a partir de ahora, o solo los últimos dos años y para el futuro, antes no .... ¿porque? pues existe una especie de doctrina (que no ley) y que el Banco de España apoya, aunque en términos judiciales ya no está tan claro, por lo que lo que lleva mas de dos años sin reclamación se supone aceptado por el cliente, repito es una especie de costumbre, pero no es ninguna ley, entonces ya es cuestión de calcular si te metes a por todas, o aceptas esto de los dos años, casi apuesto que lo intentarán ... depende del importe ya sabes, a veces es mejor un mal acuerdo que un buen juicio, o hay personas que somos unos erre que erre, y llega un punto que nos la sopla el dinero y el coste y queremos tener razón como satisfacción personal, y a veces (a mi me ocurre) que perdemos tiempo y dinero para dicha satisfacción, en esto cada uno tiene sus prioridades.