Dudas como contabilizar el las rentenciones de una nomina y los pagos especia

SALARIO BRUTO =  Neto 3050  €  + IRP + R.especie = € 4,038.21 €

SALARIO EN ESPECIE SEGURIDAD SOCIAL ---1,162.91 €


RETENCIONES IRPF 19.00% * 4,038.21 = € 767.26 €
PAGO A CTA REMUN. ESPECIE 19.00% * 1,162.91 =  € 220.95 €

Total retenciones a cuenta e ingresos a cuenta anual = 988.21  € *12 meses = 11858,52
Total seguridad social anual =  1,162.91 € *12 = 13954,92
Total salario bruto anual =  4,038.21 € * 12 = 48458,52

A la hora de analizar  las cuentas de una sociedad en gastos de personal me encuentro  el salario neto y no el salario bruto, es esto correcto ? ya que de esta forma como es logico el beneficio neto es mayor ya que se esta dejando de contabilizar las rentenciones e ingresos a cuenta. 

No es correcto. 
Además no lo es por más razones. Por ejemplo, como creo que se trata de alguien que cotiza por Reta, si la empresa se hace cargo de la cotización es una mayor retribución. O sea, no es correcto lo que figura en la 642.

Hola, 

En la 642 fijura la seguriad sociela que la paga la sociedad, lo que entiedno que no es correcto en la nomina esta neta y no bruta.

Al adelantar  las retenciones las cuales son parte de la nomina no estan en la 640 

La cuenta 642 es para registrar el gasto por la cuota patronal de S. Social. En este caso, la S. Social es renta en especie por lo que debe incluirse en la 640. 
Además, como muy bien dices también habría que incluir las retenciones e ingresos a cuenta, salvo que la empresa se las cobre al interesado.
Para hacerlo exacto, habría que saber si hay algo de lo mencionado que se haga cargo el interesado o todo es a cargo de la empresa.

Para el RETA, como te dice @juan-lackland, es salario en especie, en el debe de la 640 a la 465, quedándose como remuneración pendiente de pago, cuando pagues los lleva  de la 465 a Bancos.