Me parece que tu "asesor" tiene ciertas lagunas... La Seguridad Social pasa a la AEAT el dato de quiénes cobran el IMV (el CAPI es IMV), por lo que SEGURO que van a hacerte una liquidación (quizá antes de devolverte, quizá en cualquier momento posterior dentro de los siguientes 4 años), por lo que yo te recomiendo que regularices tú y te evitas sanciones e intereses de demora.
Lo de que tu marido se ha deducido cosas que podrías haber aplicado tú, me temo que, en ese caso, son cosas que hay que deducir a medias obligatoriamente (deducciones por gastos educativos y demás), por lo que deberás aplicar tu parte, y, él, presentar otra complementaria prorrateado esas cosas.
Por ponerte un ejemplo: los mínimos por descendientes van por mitad sí o sí, las deducciones autonómicas relacionadas con hijos, igual...