Tú empresa lo habrá hecho así pero, las vacaciones son un derecho inalienable y no pueden ser pagadas, excepto por finalización de contrato(puede ser por lo nuestro )o jubilación(baja laboral sin haber disfrutado de las vacas).
Por lo tanto si te las han pagado antes de haber una resolución del expediente se han adelantado porque si fuera denegado tendrias que disfrutarlas.
Las empresas como esta ahora el tema dudo que sepan, sinceramente aunque oye habrá casos muy, muy claro no me cabe duda. 😉