Respondo en general ya que no sé a quien mejor.
Ha quedado claro que en teoría no se tributa dos veces por lo mismo, aunque lo parezca, ya que no está permitido, una cosa es la opción de compra como contrato que permite si el arrendador quiere en el futuro comprarlo, y en el que el vendedor se compromete a vender; y otra, el ejercicio de la misma, que es una compraventa pura.
La base imponible de esta última es el precio pactado (mientras coincida con el valor real), el cual no es la cantidad final a pagar sino el importe que se fijó en el contrato inicial como precio. Esos descuentos se consideran pagos anticipados, no menor valor de la compraventa, por tanto, en la escritura debe reflejarse el precio pactado, del que se descuentan los pagos ya realizados, no solo el neto restante.
Y esa es la base imponible de TPO, que puede ser revisada, como siempre, por la Administración si según sus cálculos, es inferior al valor real de inmueble.