No me extraña que tu pregunta se haya quedado atrás, con la velocidad que surgen los temas en este 'caliente' foro. Disculpas por la parte que me toque.
En primer lugar, te recomiendo que 'bucees' un poco por Rankia, pues hay varios hilos que hacen referencia a la conveniencia o no de amortizar hipoteca en estos momentos. Recuerdo un par de ellos, iniciados por Mulligan hace un mes o mes y medio. Creo que mayoritariamente la postura del foro es que NO es conveniente, pero ya sabes, cada uno es cada uno...
Sobre implicaciones, se me ocurren de dos tipos:
Fiscales
Supongo que el préstamo es único, a nombre de los tres, solidariamente (préstamos individualizados seria extrañisimo y entonces tu pregunta no tendría razón de ser). Si amortizas 9.000 €, la información fiscal que emita el Banco para IRPF será individualizada, con 3.000 € para cada titular. Si lo deduces tú todo, a Hacienda no le van a cuadrar las cuentas, por lo que te llamará a cónclave, y tendrás que dar explicaciones y justificar. ¿de que modo? Pues quizás con un certificado del Banco en que se especifique que la amortización se hace a cargo de una cuenta en la que eres titular único, y demuestres que el importe procede exclusivamente de tu peculio. Un rollo, y además, con Hacienda, tonterias las justas, y puede que aunque lo acepten, te pongan una 'marca' (ver comentarios de Abuelo1954)
Patrimoniales
Al amortizar tu solo, estás descompensando o desequilibrando la deuda. Si debias 27.000 euros justos, ya habrias finiquitado tu parte de deuda, por lo que cualquier amortización posterior habria que atribuirsela exclusivamente a los padres, correspondiendo a partir de entonces a ellos la posibles deducciones (otra vez explicaciones a Hacienda). Si debes menos de 27.000, y amortizas 9.000 €, diciendo que son de tu procedencia, podrian considerar que estas donando dinero a tus padres, y que además habrías deducido en exceso.
Como conclusión, y teniendo en cuenta que la cosa es entre padres e hijo, amortiza 9.000 €, y en cada declaración deducis 3.000 por cabeza, puesto el monto total de la deducción no varia (1.350 €), y que todo queda en casa.
Espero haberte ayudado.
S2