¿Te ha pagado? La obligación de retener surge con el pago. Es decir: si te ha pagado esa factura, pero él no ha ingresado las retenciones en el Tesoro, lo has hecho bien y, aunque te requieran (que lo dudo, por ese pequeño importe), puedes justificar lo declarado con la factura y el justificante de cobro.
Si no te ha pagado, no ha nacido la obligación de retener, no tienes derecho a aplicar la retención.