Adjudicación herencia, donación?

Buenas tardes, a ver si me podéis ayudar. Gracias por adelantado.
2 hermanos A y B, que reciben herencia de sus padres de una vivienda valorada por el valor de Referencia en 100.00,00.-€ (siendo el único bien de la herencia), pero, como ven que esta deteriorada, llegan al acuerdo de valorarla en 90.000,00.-€, por lo que A que se adjudica la vivienda, le da a B 45.000,00.-€.  En caso de que la oficina liquidadora no acepte esos 90.000,00.-€ de valoración y lo valore en los  100.00,00.-€ del valor de Referencia, la diferencia de 5.000, -€ que A tendría que haberle dado a B, lo imputarian  como donación?.
Muchas gracias.  y Saludos

Si se hace de acuerdo con los procedimientos legales, la diferencia se liquidaría por el Impuesto de Transmisiones. 

Muchas gracias Juan, por tu ayuda, pero, a que te refieres con " Si se hace de acuerdo con los procedimientos legales", no entiendo a que te refieres; me lo puedes explicar.  
Gracias por adelantado.

Me refiero a que se presente la correspondiente declaración del I. de Sucesiones y se haga la partición y adjudicación en escritura pública recogiendo lo que expones: adjudicación a A y compensación a B.

Muchísimas gracias Juan, por tu pronta contestación.
Entendida perfectamente. 
Saludos y buenas noches.