Herencia con parte del saldo de la cuenta que no es de la persona fallecida.

OK. Está claro que ese reembolso es tuyo. Lo primero es acreditarlo ante el banco con la documentación justificativa de que el fondo era solamente tuyo. Cuando lo acredites ante el banco, éste tendrá que expedir otro certificado donde atribuya el 50% a cada titular previo descuento del reembolso del fondo.
Aclarado todo eso, lo más recomendable es retirar ese dinero para evitar otro conflicto con los herederos.

Gracias por la ayuda. No hay mas herederos y en la cuenta solo éramos titulares mi madre y yo.  El tema es por hacer las cosas bien y tenerlo justificado ante hacienda por si hiciese falta.

Para justificarlo ante Hacienda, el banco tiene que darte un nuevo certificado donde atribuya a tu madre el 50% previo descuento del reembolso y a ti el otro 50% más el reembolso. Supongo que necesitas ese certificado para presentar el Impuesto de Sucesiones.

Si así es. 
Lo que no sé si valdría el certificado que emitieron originalmente mas un certificado emitido por la entidad justificando que ese importe viene del reembolso del FI que no hay problema en que me lo hagan o tendría que ser un nuevo certificado de saldos con las cantidades como tu me dices.

Lo mejor sería un nuevo certificado. Hacienda, a veces, no ve con buenos ojos los añadidos al certificado original.

En Madrid.
Impuesto de sucesiones, es irrelevante poner un saldo en el banco de 2000 o de 300000 euros, se paga muy poco.
Escritura de aceptación, también es irrelevante varia muy poco el coste.
La cuenta del banco desde el fallecimiento a la aceptación puede variar muchísimo.
Hacienda no interviene para nada en el tema del dinero ni se le informa tampoco.
¿Que es lo que te preocupa?

Si en Madrid es irrelevante pero no todo el mundo viven en Madrid. ¿Y en Asturias?.

Creo que en Asturias están exentos 300.000€. Compruébalo. Si eres la única heredera y heredas menos de esos 300.000€ yo también pienso que es irrelevante  a efectos del ISD declarar esa cuenta con el saldo que tiene. Todo va a ser tuyo.
Mayor problema tengo yo. La cuenta es mía y era cotitular mi madre. Tanto el notario como el banco me han dicho que la tengo que declarar en ISD al 50% y que luego me entienda con mis hermanos 

En ese caso, pasa algo parecido: ¿los ingresos en esa cuenta eran sólo tuyos (por ejemplo de tu nómina) o había ingresos de los dos?
Lo pregunto porque en cuentas con dos titulares se presume el 50% salvo que se demuestre otra cosa.

Esa cuenta la tenía para domiciliar gastos de un piso que no es mi vivienda habitual. Los ingresos son trasferencias que hago desde otra cuenta mia

Si puedes demostrar que el dinero proviene de transferencias tuyas (por ejemplo certificado que emita la entidad bancaria relacionando las fechas, importes y cuenta de procedencia a tu nombre) tienes que hacer los pasos que han indicado Luis Catalina Celaya y Juan Lackland.
He consultado en Agencia Tributaria y me han indicado que el notario tiene que incluir ese certificado del banco en el reparto para justificar que no corresponde incluirlo en el caudal hereditario. Te corresponde a ti demostrarlo y si así lo haces el notario no debería poner impedimento en hacerlo.

¿Todos los ingresos sin excepción son hechos por ti mediante transferencia de otra cuenta, no hay otros ingresos aparte de esos?

No. Hace muchos años las transferencias las hacía mi madre porque estábamos varios hermanos estudiando pero luego ese piso me lo quedé yo y los gastos los pago yo pero la cuenta siguió a nombre  de las dos.
Gracias por interesarte pero ya presenté el ISD y la he declarado al 50%. Tengo otras dos cuentas como cotitular pero el dinero era de ella así que las he declarado al 100%. A ver como nos arreglamos con el reparto porque tenemos bastante lío también con los inmuebles No queremos venderlos pero tampoco se los quiere adjudicar nadie. Creo que nos vamos a repartir el dinero y dejar los pisos en proindiviso hasta ver que hacemos.