Compensación de ganancias y pérdidas entre distintos instrumentos de ahorro

Supongamos que una persona tiene su dinero invertido en fondos de inversión, ETFs, acciones y dinero a plazo fijo.
Hasta donde se creo que es posible compensar pérdidas y ganancias (en el IRPF) entre los anteriores instrumentos de ahorro citados.

¿Hay alguna limitación a la hora de compensar esas pérdidas y ganancias?

¿Las pérdidas o ganancias fruto de la inversión en SICAVs y Bonos soberanos también se podrían compensar con el citado grupo de instrumentos de ahorro?

no hay limitaciones de compensación entre instrumentos que generen ganancias del capital (acciones, ETF, fondos, SICAVs, inmuebles).
Pero los depósitos bancarios, y la inversión directa en bonos (ya sea los cupones o la venta) generan rendimientos del capital mobiliario. Estos rendimientos se compensan entre sí (por ejemplo, pérdidas al vender un bono y rendimientos positivos de un depósito) y si hay pérdidas en las ganancias del capital, puedes tomar el 25% de estos rendimientos positivos del capital mobiliario para compensarlas -y en el otro sentido igual, si por ejemplo has perdido al vender bonos, y tienes ganancias en ETFs, puedes compensar el 25% de estas con las pérdidas en los bonos-.

¿Un depósito estructurado (100% garantizado) que paga un cupon a venciminto en que grupo entraría?

entiendo que es como un depósito normal: un rendimiento del capital mobiliario, pues estás prestando un dinero, no estás comprando ni participaciones ni acciones ni ningún activo.

Grupo1 -> Generan ganancias del capital: Acciones, ETF, fondos, SICAVs, inmuebles, etc

Grupo 2 -> Generan rendimientos del capital mobiliario: Depósitos a plazo fijo, depósitos estructurados, bonos, etc

En cada uno de los grupos se pueden compensar pérdidas y ganancias hasta el 100%.
Las compensaciones entre el grupo 1 y el grupo 2 sólo son posibles utilizando como máximo el 25% de las ganancias del otro grupo.


También supongo que habrá un límite temporal.
¿Es en los siguientes 4 o 5 años (IRPF)?
¿Hay que marcar alguna casilla para poder hacerlo o es automáticamente?

exacto; se compensan en el año actual que se producen y los 4 siguientes. 
Es todo automático desde hace unos años,  antes había que introducir en la siguiente declaración a mano las pérdidas pendientes de compensar, ahora se incorporan automáticamente.

Si es automático, mucho mejor.

¿En el caso de tributaciones cojuntas (matrimonio) del IRPF habría que tener en cuenta algún otro tipo de limitación  a la hora de compensar pérdidas y ganancias, así como hacerlo entre diferentes ejercicios del IRPF?

no hay limitaciones especiales; si por ejemplo un cónyuge tiene pendiente pérdidas de  2.000 en venta de acciones y el otro ha ganado este año 2.000 en venta de fondos, se compensa tal cual.
Si quedan pérdidas pendientes, hay que calcular la parte proporcional que se ha compensado y lo que queda pendiente individualmente por si el año siguiente se presenta declaración individual, pero imagino que igualmente el programa lo automatiza, aunque yo no he comprobado este punto.

De acuerdo.
Muchas gracias Bacalo.