Liquidación complementaria por ITP

Hola.
Me envía la Hacienda de la Comunidad de Madrid una "propuesta de liquidación provisional y trámite de alegaciones" respecto al pago del ITP de la compra de una nuda propiedad a un hermano que realicé hace dos años.

Me reclaman según su cálculos pagar 1.000 euros más de lo que pagué. La cuestión en mi caso no es la nueva tasación que me adjuntan y que es prácticamente igual a la valoración de la propia CAM que se usó entonces (sólo dos mil euros más ahora). Esto no influye significativamente.

El problema es que el cálculo es distinto. Pero lo gracioso es que la liquidación me la hicieron ELLOS MISMOS. Una autoliquidación que me tramitaron hace dos años en su edificio, sus funcionarios, en Paseo General Martínez Campos 30, presentándoles toda la documentación y que también me cobraron con tarjeta bancaria en el momento. Todo en la misma ventanilla.

Pues bien tras recibir la carta hoy les llamo por teléfono y un señor muy amable del departamento del Registro me dice que:
1- El personal que me realizó la autoliquidación pertenece a un servicio gratuito para no profesionales EXTERNO a la propia Hacienda, que  no "pertenecen" a Hacienda. Pese, como me confiesa por teléfono, que están dentro de las mismas instalaciones y que no hay cartel alguno que lo advierta.
2- Que por supuesto este servicio no ofrece ninguna garantía, que es precisamente lo que buscaba yo, la tranquilidad de que no habría problemas al tramitarla ellos mismos por la cantidad que ellos me dijeran. Pues no, como si lo presento por gestoría o por mi cuenta. Que a Hacienda sólo le importa si el cálculo es correcto (según Hacienda claro) y que si no lo es lo va a exigir.
3- Que cuando reciba la carta de pago con la liquidación definitiva me notificarán los intereses de demora que tendré que pagar. Esto es lo más sangrante ya que la hicieron ellos. Aunque "sólo" serán unos 70 euros.

¿Qué puedo hacer? Cómo les refuto si el nuevo cálculo es correcto o no y desde luego evitar pagar los intereses de demora.
Ahora me dan 10 días hábiles para alegar (iré este martes) y cuando reciba la carta de pago definitiva creo que otro mes o así para reclamar.

Gracias.

Habría que saber en qué consisten esas diferencias en el cálculo.

Valoración CAM: 480.000
2 hijos legítima en pleno dominio: 6,67% del total
3 hijos nuda propiedad: 26% del total
Madre viuda: usufructo universal: 8,67% del total.

Yo compro la nuda propiedad a un hermano.
El cálculo al alza que hacen ahora es: 480.000 x 26% x 6%itp = 7.488e

El cálculo que me hicieron hace dos años fue lo mismo pero restando antes las legítimas que es como viene en la Escritura notarial de Adjudicación de Herencia donde primero se restan las legítimas del total y sobre el resto se calcula el usufructo y las nudas propiedades:
480.000 x 13,33% =  63.984.
480.000 - 63.984 = 416.000.  x 26% x 6%itp = 6.489e

De los datos que das en el comienzo de tu mensaje deduzco que cada nuda propiedad vale el 26% del total. lo deduzco porque todo lo que indicas suma el 100X100. En consecuencia a la hora de tributar no hay que descontar el valor del usufructo que ya viene descontado en ese 26%.

En consecuencia, el cálculo que se hace ahora es correcto y fue incorrecto lo que se hizo anteriormente. 
P.D. En todo caso, yo haría alegaciones en el sentido de que el cálculo lo hicieron ellos. Sobre todo para evitar una posible sanción.

La cuestión no es el usufructo sino si fue correcta la resta de las legítimas o no.

OK, creía que habían restado el usufructo para obtener el valor de la nuda propiedad. Restar las legítimas es todavía más incorrecto, no veo motivo ninguno para esa resta.