El inquilino no presenta certificado de retenciones por arrendamientos....

y yo todo los años este el tercero con requerimiento para presentar el contrato de alquiler y este como novedad me piden facturas cobradas, cosa que yo no tengo, poseo los recibos cobrados que supongo que con eso valdrá

Pues sí valen, siempre que quede clara la retención soportada.
Lo que no entiendo es que, siendo el inquilino empresario, no te exija facturas.