Según la normativa , deberías cobrar IVA con toda la problemática que trae consigo: declaraciones e ingresos trimestrales, declaración resumen anual, declaración de los ingresos obtenidos en IRPF.
Otra cosa es que en la mayoría de los alquileres de plazas de garaje, se hacen sin declarar los ingresos y sin cobrar el IVA.
Artículo 20. Exenciones en operaciones interiores.
(...)
23.Los arrendamientos que tengan la consideración de servicios con arreglo a lo dispuesto en el artículo 11 de esta Ley y la constitución y transmisión de derechos reales de goce y disfrute, que tengan por objeto los siguientes bienes:
(...)
b. Los edificios o partes de los mismos destinados exclusivamente a viviendas o a su posterior arrendamiento por entidades gestoras de programas públicos de apoyo a la vivienda o por sociedades acogidas al régimen especial de Entidades dedicadas al arrendamiento de viviendas establecido en el Impuesto sobre Sociedades. La exención se extenderá a los garajes y anexos accesorios a las viviendas y los muebles, arrendados conjuntamente con aquéllos.
Fuente: Ley Impuesto Valor Añadido
Saludos.