"Quienes ejerzan funciones de dirección y gerencia que conlleva el desempeño del cargo de consejero o administrador, o presten otros servicios para una sociedad mercantil capitalista, a título lucrativo y de forma habitual, personal y directa, siempre que posean el control efectivo, directo o indirecto, de aquélla. Se entenderá, en todo caso que se produce tal circunstancia, cuando las acciones o participaciones del trabajador supongan, al menos, la mitad del capital social."
Fuente www.seg-social.com: Quiénes están incluidos en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos.
En cuanto al hecho de pagar la cuota de Régimen Especial de Trabajadores Autónomos por la cuenta bancaria de la empresa, en mi opinión se puede hacer siempre que se considere este pago como mayor sueldo del administrador y tratándola como una retribución en especie.
Saludos.