A ver, te cuento en base a mi experiencia.
A partir del año pasa a pagarte el INSS o en su defecto pregunta a tú empresa por si fuese la mutua, en mi caso la empresa tiene un convenio con la mutua y empezó a pagarme la mutua, una cosa muy importante es que te pague quien te pague (mutua o INSS) tienes que rellenar una "solicitud de pago directo" y pasan a pagarte el 75%, repito es importante que rellenes la solicitud porque en caso contrario no cobrarás.
Si tienes certificado electrónico o DNI electrónico habilitado (te aconsejo que te hagas una de las dos opciones) recibirás una notificación al cumplir los 365 días donde te prorrogan 6 meses, (la carta certificada con la notificación llega más tarde) es raro que te llamen para inspeccion antes de los 18 meses, de hecho a mi llamaron para el tribunal a los 23 meses, (el tribunal médico lleva mucho retraso) no pases pena que seguirás cobrando mientras no haya una resolución.
Otro tema es la cotización, la empresa sigue cotizando por ti hasta los 18 meses de baja, despues de esos 18 meses la empresa NO tiene obligación de cotizar por ti, por lo tanto veras que tu vida laboral queda suspendida a partir de ese día, eso no quiere decir que se extingue tu contrato ni nada de eso, tú contrato sigue vigente pero la empresa ya no cotiza tú seguridad social, en caso de que el tribunal te dé el alta volverías a tu puesto de trabajo.