Hola,
Si se vendiese la vivienda habitual y el importe obtenido en dicha venta se reinvirtiese en la adquisición de una nueva vivienda habitual, la ganancia patrimonial obtenida por la venta de la primera de ellas estaría exenta, es decir, no habría que pagar nada en concepto de IRPF por el ingreso obtenido en esa transmisión. Por tanto, primeramente, lo que indicas no existe tal y cómo comentas. Y además, en tu caso, no te serviría de nada: admitiendo que validen ese "cambio de empadronamiento" -luego te detallo más acerca de este aspecto-, te irías a vivir a una vivienda que ya es de tu propiedad. Por lo que no te sería aplicable dicha exención.
Ahora bien, si tienes derecho a aplicar la deducción por inversión en vivienda habitual -esto es, que adquiriste verdadera vivienda habitual antes de 2013-, el importe obtenido en la venta de esta "segunda" vivienda, aunque debas declararle y tributar por él en el IRPF, si se utiliza para amortizar la hipoteca de tu actual y verdadera vivienda habitual, aumentará la base sobre la que se calcula dicha deducción. Por tanto, obviamente no puedes "empadronarte y cambiar de residencia habitual", porque si no pierdes esta deducción ya que la misma está en régimen transitorio -a extinguir por quienes ya la disfrutaban- y no se puede aplicar a viviendas adquiridas ahora.
Y por último, el Certificado de Empadronamiento, cuando se trata de utilizarse como justificante ante la Administración Tributaria para justificar la residencia habitual y así tener derecho a cualesquiera beneficios fiscales, en absoluto lo admiten como una prueba válida. El argumento que esgrimen -que no es el mío, simplemente expongo- es que declarar ante el funcionario local que se vive en un determinado domicilio no prueba nada, ya que Hacienda dispone de otros datos (p.ej.: consumos) que permiten desmentir dicho justificante si no se vive en él y el empadronamiento se emplea como método "fraudulento" para "rebajar la factura fiscal".
Así que, resumeiendo: el importe obtenido en la venta debe tributar, tienes muy pocas posibilidades de que no sea así, y te interesa más que esto sea así para que lo que amortices en tu hipoteca actual lo puedas incluir para aumentar la deducción vinculada a tu actual residencia, si tienes derecho a ella.
Espero que así te haya quedado claro,
Un saludo.