Factura comisión inmobiliaria

Buenas,  he vendido un piso con mi hermano en 50000. Cuando íbamos a firmar la escritura no teníamos dinero para pagar la agencia y decidimos que el comprador pagará los horarios. Así que nos hizo a mi hermano y a mi transferencia de 47000 y a la inmobiliaria de 3000 y así se puso en la escritura. Yo puedo solicitar la factura para que me desgrave de cara a Hacienda?

Evidentemente así es

Pero fue el comprador quién les hizo la transferencia y así consta en la escritura. Pueden hacerme igual la factura a mi y a mi hermano?

Tienen que hacertela a ti y a tu hermano que sois los que realmente y legalmente pagáis.

Perdona mi ignorancia es q en notaría me dicen que al hacer el comprador la transferencia a la inmobiliaria y hacerlo constar en escritura que no puedo solicitar la factura a mi nombre. 

Pues va a ser que no. Precio vivienda 50 mil si no te dan los 50 mil te tienen que hacer factura. Los 3000 se te repercuten a ti y la factura es para ti.

La factura hay que hacerla a quien se prestó el servicio, o sea a ti. No a quien la paga.
¿Sabes cuántos trabajadores pagan facturas por encargo de sus empresas?, pero la factura va a nombre de la empresa.

Pues en notaría se están luciendo...
El comprador ha pagado directamente a la agencia, pero por indicación vuestra, lo mismo hubiera sido que el cheque fuera de 50.000, íntegramente a vuestro nombre y luego a continuación, le hubierais pagado los 3.000 vosotros a la agencia. Se ha hecho así para ahorrar un trámite innecesario de cambio de manos de ese dinero, que puede conllevar gastos adicionales. El caso es que el precio que paga el comprador son 50, y la comisión, que pagáis vosotros de una u otra forma, son 3. 
Total valor de venta  a efectos de renta, 50-3=47.