Si la tasación te sale superior al precio que tú efectivamente pagas por ella te puede llegar una liquidación complementaria del impuesto de transmisiones patrimoniales. Esto sería básicamente pedirte el impuesto por la diferencia entre el valor de tasación y el precio de compra, más intereses.
Cuanta más diferencia haya entre ambos valores, más números tienes de recibir la cartita.
Si la casa que compras está en mal estado, haz fotos y si inviertes dinero en obras, guarda las facturas. Esto te sevirá, si el día de mañana te llegara esta liquidación complementaria, para intentar decir que la finca vale menos que lo que te han tasado. Desconozco las posibilidades de éxito pero al menos tendrías algo con lo que luchar. También podrías pedir otra tasación en caso de que no estuvieras de acuerdo con la que te hace la Adminsitración Pública cuando te mande la complementaria.