Si la compraste en 2007 ya han pasado 5 años. Entiendo que si te dieron la ayuda directa a la entrada y la subsidiación de la cuota tu vivienda es del régimen general. Te digo esto porque hay otro tipo de viviendas de VPO como en mi caso, al menos en la Comunidad Valenciana, que se llaman de régimen concertado.
Las de régimen general tienen 3 tipos de ayudas (AEDE, subsidiación de cuota y la ayuda autonómica) y las viviendas están protegidas durante 30 años, se puede amortizar sin devolver ayudas a partir del quinto año y a partir de 10 años si no recuerdo mal se pueden vender sin devolver la ayuda. Antes creo que también se puede pero con causa justificada
En las de régimen concertado sólo está la ayuda autonómica como es mi caso (cheque de la generalitat valenciana), que aunque han pasado 5 años aún ni lo he cobrado. Yo puedo amortizar cuando quiera coincidiendo con la liquidación de cada cuota con un mínimo de 1500 euros. Aparte el régimen de VPO dura 15 años, en lugar de 30 como en las de régimen general.
Dicho esto, me temo que en tu caso puedes amortizar parcialmente sin penalización pero entiendo que tienes la vivienda a nombre de 2 personas y tu quieres adquirir la otra parte. No me queda claro si en este caso donde se produce la venta de la otra mitad afecta a la devolución de las ayudas.
En cualquier caso para vender la VPO debes pedir permiso a la Consejería de tu Comunidad porque en teoría ellos tienen la opción de tanteo y retracto, pero una vez más, estamos en que no quieres vender la vivienda sino comprar la otra mitad así que mejor que lo preguntes en tu Consejería de Vivienda cómo afecta las ayudas recibidas si se quiere adquirir el 50% restante de la VPO.