Se pagaría impuesto de transmisiones con valores antiguos o actuales?

Se hizo un contrato privado de compra-venta de un inmueble entre dos hermanas en 2001 poniendo como valor el catastral de la finca en pesetas. Y ahora lo quieren elevar a público. La pregunta es : el impuesto de transmisiones  se calcularía con el valor de 2001 y ha prescrito y no habría que pagar?  O...
 el impuesto de transmisiones tomaría como base imponible el valor actual de la vivienda a día de hoy y qué porcentaje sería a pagar?

El impuesto transmisiones patrimoniales, prescribe en este caso a los cuatro años de la fecha del contrato privado, por tanto está prescrito desde el 2005,  y no hay obligación de pagar el ITP.
Si la transmisión se hizo realmente efectiva en el año 2001, no tendría que haber problemas, si la posesión no se entregó hasta hoy hacienda podría considerar que la compra-venta es actual y exigir el ITP con el valor de mercado actual, también podría haber implicaciones en el IRPF para la vendedora, si la operación no fue real en el 2001.
Prueba de que fue real la transmisión puede ser si se efectuó a nombre del comprador el cambio de nombre de los suministros y el IBI.
El porcentaje del ITP depende de la comunidad autónoma en que este ubicada la finca, entre el 6 % y el 10 %.

Para la Dirección General de Tributos la fecha del contrato sería la de su presentacion a liquidar.  Salvo que pueda probarse fehacientemente la ejecución en fecha de dicho contrato: fallecimiento posterior de una de las partes,  cambio de titularidad en el catastro…
Por otra parte dudo que hacienda admita el valor catastral como valor de mercado por lo que reclamará la ganancia patrimonial.