Si hiciste el pago el día 1 de julio, y puedes demostrarlo, entiendo que no te pueden sancionar ni aplicar ningún recargo. Además, todo lo has hecho antes de recibir la carta. Tiene toda la pinta que se ha cruzado la carta con el ingreso.
De todas formas, es muy raro lo que cuentas. Verifica si el pago lo realizaste, efectivamente, el día 1 de julio. Si es así, recurre la liquidación provisional que te han enviado o ve a una oficina a comentar tu situación.
Te agradecería que nos comentases cómo termina esto, pero, en principios, si pruebas eso, no vas a tener ningún problema.