Problema impuesto de sucesiones banco

Ya sé que la autoliquidación está hecha y dónde está el pago. Lo que pregunto es si esa autoliquidación se ha entregado en la Hacienda autonómica y se tiene la correspondiente copia sellada.
Lo digo porque a ver si con el problema del pago, ni siquiera se ha declarado el impuesto, lo cual sería lo más grave. Lo otro tiene fácil arreglo, pero la falta de declaración en plazo implica sanción y pérdida de beneficios fiscales. 

Preocúpate sobre todo de que la declaración de presenta en plazo y que conservas el correspondiente justificante. Lo otro no tiene mayor importancia, no necesitas reclamar a la Caixa, una vez presentada la declaración donde procede, te diré lo que hay que hacer.

¿Que hay que hacer?

¿Está presentada en plazo y con el correspondiente justificante en forma de copia debidamente sellada?

No, está hecha la autoliquidación y el pago está hecho en la aeat y no en la comunidad correspondiente 

¿La autoliquidación, además de estar hecha, está presentada y registrada en la Hacienda autonómica, y se tiene el correspondiente justificante de haberla presentado?
Creo que no es tan difícil aclarar ese punto, el cual es primordial para la solución del pago.
MI consejo es que, de momento, te olvides del pago (porque ya está hecho aunque no sea en la Administración correcta). Lo importante es que se presente la declaración dentro de plazo, una vez presentada esa declaración, es relativamente fácil solventar el asunto del pago (dando por supuesto la buena fe de las dos Haciendas, se supone que no se van a portar como unos bandoleros).
P.D. Este caso no es nuevo, se da con alguna frecuencia. Lo que no hay que hacer nunca es, por ese incidente en el pago, retrasar la presentación de la declaración.

Autoliquidacion hecha en la pagina de la oficina virtual de la comunidad de Madrid.
Pago realizado en la aeat.
La aeat da un código NCR.
La comunidad de Madrid requiere un código NCCM.
NCR es diferente al NCCM.
Para que esté como 'presentada' tiene que estar el pago hecho en la Comunidad de Madrid, y no es ahí donde está.
Llevo días con conversaciones aeat, Comunidad de Madrid, Banco,... y el plazo finaliza el dia 1.

OK. 
Lo que procede ante la posibilidad de que Caixa Bank te vuelva loco y finalmente no lo solucione dentro de plazo. 
1.- Escrito a la AEAT, adjuntando los justificantes correspondientes del ingreso (código NCR y demás), explicando el caso y el error del banco y solicitando que se traspase ese ingreso a la Hacienda autonómica. Por supuesto, con el correspondiente justificante (copia sellada o similar)
2.- Escrito a la Hacienda autonómica, acompañando copia del escrito presentado a la AEAT (con NCR), explicándoles que se ha solicitado el traspaso del ingreso a esa Hacienda y pidiéndoles que den por presentada la declaración con su correspondiente ingreso que obra en la AEAT.
3.- A esperar la respuesta de ambas haciendas.

P.D. Las conversaciones con la Administración, a la hora de la verdad, no sirven para nada. Un famoso abogado decía: La Administración no habla, sólo escribe.

Eso que has dicho, está hecho hace días, y quedan 2 días para que se cumpla el plazo, el banco ha dicho que iba a adelantar el dinero, y no lo ha hecho hasta ahora.
La hacienda autonómica no da por presentada esa declaración por que el dinero no ha sido enviado a ellos.

Da igual que la Hacienda autonómica no dé por presentada la declaración. 
Si se adjunta el justificante del pago y copia del escrito a la AEAT pidiendo el traspaso de fondos  a donde corresponde, ya se ha cumplido con todos los requisitos.
Eso sí, muy importante tener copia de lo presentado, tanto de la declaración como del justificante del pago. Si la Hacienda autonómica no da el justificante, se remite todo por correo certificado, llevando el sobre abierto para que te sellen todas las hojas enviadas. Ésta suele ser la solución para casos de malos funcionarios recalcitrantes.