Hola,
En caso de que la cooperativa no corrija las facturas pero el ingreso de lo hayan realizado al titular real (no al que gestionaba temporalmente la finca), los justificantes de pago de la cooperativa al titular real son la prueba más fehaciente que se me ocurre de demostrar ante Hacienda que ese es un ingreso erróneo mal computado en las declaraciones informativas de la cooperativa, cuando muy probablemente requiera al que gestionaba la finca por discrepancia entre su declaración y los datos fiscales (también puede ser que nunca os notifiquen nada, en ese caso, mejor que mejor).
En el caso de que el ingreso fuera para el que la gestionaba por así haberlo pactado (tu la gestionas, tú lo cobras) no hay error, pero supongo que este no será el caso.
Y si el que gestionaba la finca recibió el pago pero luego reintegró los fondos al titular, este justificante de devolución es el que habrá que aportar, de manera análoga a lo expuesto en el primer párrafo.
Recuerda que la declaración de IRPF debe reflejar la situación económica-fiscal real, aunque discrepe de los datos fiscales pero siempre y cuando haya documento para probarlo ante un hipotético requerimiento de Hacienda.
Y a unas muy malas (no tener ningún tipo de justificante que contradiga las facturas) pues el que gestionaba las fincas declare según datos fiscales y ese “sobre coste” en su IRPF (haz la simulación con y sin los ingresos erróneos) que lo abone el titular real, que pagará menos por no tener esas facturas en sus datos fiscales. Quizás sea más gravoso que declarar cada uno su realidad, pero si no hay forma de demostrarlo a Hacienda, no hay más remedio.
Guarda la comunicación escrita (si es que existe) de la solicitud de rectificación de las facturas y de la respuesta denegatoria (según has comentado que la han dicho), para aportarla como prueba también que el error no ha sido cometido por ninguno de tus clientes.
Un saludo,