Si te entiendo bien, tu vecino tiene un local que da al patio de luces interior al cual sólo podía acceder él puesto que estaba en un bajo. Según tengo entendido (pero no lo sé seguro), aunque él fuese el único que tuviese acceso al patio, sin la autorización de la comunidad de vecinos creo que no podía hacer ninguna obra de la embergadura que comentas. No sé si realmente la comunidad de propietarios le dio tal autorización.
Suponiendo que las obras fuesen legales (tuviese el derecho a hacerlas y solicitase los permisos correspondientes) supongo que el IBI debería actualizarse para reflejar el nuevo uso de esos metros cuadrados. De todas formas, si el propietario no ha informado sobre ello nadie va a hacer esa actualización (a no ser que alguien imponga una denuncia y se investigue).
De todas formas, no comprendo qué es lo que te inquieta. Que pague más o menos de IBI debería darte igual. Lo que quizás no debería darte igual (ni a ti ni al resto de propietarios de la comunidad) es que haya hecho ese tipo de obras, a no ser que para hacerlas sí solicitase permiso a la comunidad y ésta se lo diese.
Saludos