El número de escrituras no es lo relevante, lo es el nº de fincas, registrales y/o catastrales. Claramente, son dos fincas registrales distintas, comprueba su número a ver, por lo que deben ser a su vez dos fincas catastrales también, y pagar cada una su IBI. El hecho de que estén unidas a efectos de suministros no determina nada, solo que cuando se engancharon a la red se decidió así, cosa que es fácilmente rectificable sin mayor problema.
Para pagar un solo IBI, deberías instar la unión registral de las fincas, es decir, la agrupación, y a continuación, solicitar en catastro que hagan lo propio. No creo que salga rentable salvo que para siempre vayan a ir juntas, ya que hay que pagar impuestos y gastos, y si luego las quieres vender por separado, tendrás que volver a separarlas. El IBI en global probablemente sería menor que la suma de los dos actuales, pero no creo que compense.