Solo tienes que minorar en el importe Bruto de la nomina cobrada indebidamente, el importe que declaras en "Importe Integro" de las rentas del trabajo.
Con seguridad que la AEAT te requiere aclaracion y si te sale a devolver esta sera realizada con bastante retraso, antes recibiras el requerimiento.
En cuanto a la Retencion no tienes nada que hacer ya que es un ingreso a cuenta del impuesto y actua en la Declaracion como importe ya pagado y minora el resultado de la Declaracion ( lo recuperas en el momento de hacer la Declaracion).
Esto ultimo hay personas que no lo entienden por lo que tratare de explicartelo con un ejemplo:
Tienes unos salarios brutos de 21.000 euros con una retencion del 15% esto es 3.150 de retenciones.
Haces la declaracion y tu cuota tributaria Casilla 589 (siendo soltero sin hijos) es de 3.194,97 euros y tienes de retenciones Casilla 601 por valor de 3.150 euros , por tanto el resultado de la Declaracion es Casilla 610 (casillas 589 menos 601) de 44,97 a pagar.
Si en esta declaracion minoras los 21.000 euros una Paga de 1.500 euros (21.000/14) tendras una renta imputada de 19.500 euros y mantienes los 3.150 euros de retencion.
Esta declaracion te da una cuota tributaria Casilla 589 de 2.801,44 euros ( 393,53 euros menos de tributacion) pero como la Casilla 601 sigue siendo de 3.150 euros , el resultado de esta declaracion sera Casilla 610 a devolver 348,56 euros.
Si quitas tambien la retencion que le corresponde a los 1.500 euros 15% = 225 euros la casilla 601 que recoge las retenciones sera de 2.925 euros ( 3.150-225) y la casilla 601 tiene en este caso el importe de 2.925 , como la cuota tributaria Casilla 589 sigue siendo lo mismo, la Casilla 610 del resultado de la Declaracion es en este caso ( Casilla 589 menos Casilla 601) una devolucion de 123,56 euros.
Veras que la diferencia entre la primera devolucion de 348,56 euros y la nueva descontado las retenciones que sale de 123,56 euros es precisamente los 225 euros de la retencion que quitas en la declaracion.
Espero que lo entiendas.
Saludos