Autónomo colaborador pasa a ser autónomo de otra actividad

Buenas tardes,
Os planteo mi situación por si podéis ayudarme.

Tengo un negocio a medias con mi hermano, el es el autónomo y yo el autónomo colaborador. A efectos legales el negocio es suyo.
Ha llegado la hora de separarnos cada uno por su cuenta. 
Nuestro negocio necesita un registro oficial de establecimientos y mientras yo solicito el mío para seguir por mi cuenta me solicitan el alta como autónomo o alta previa en hacienda pero mi duda es:
Puedo seguir siendo autónomo colaborador, a la vez solicitar el alta previa como autónomo y seguir trabajando juntos hasta que tenga toda mi documentación en regla para ejercer mi actividad solo?
Gracias de antemano