Se declara indemnización en acuerdo judicial? - Indemnización por despido

Buenos días. 

Hace unos meses terminamos un proceso judicial por el que demandé a la empresa y por nóminas adeudadas y por una subrrogación que me hicieron a otra empresa sin comunicación anterior. El caso es que entre las dos empresas me adeudaban unida cuántos meses de nóminas, y al final llegamos a un acuerdo firmado por el secretario judicial. En dicho acuerdo las empresas reconocen la cantidades adeudadas y una indemnización y que finalizaba el contrato.

En su día el abogado nos dijo que las indemnizaciones por"despido" no se declaran, pero claro, en el documento redactado pone que acordamos el pago de las nóminas y la indemnización, pero no pone por ninguna parte la palabra "despido".

Decir que el día del juicio seguía en la empresa trabajando, y la "relacion laboral" finalizó con la firma en el juzgado de dicho acuerdo dónde reconocían su incumplimiento en los pagos.