Si el único contrato que la vinculaba a la empresa es el de sustitución de una baja, entiendo que ese contrato se extingue en cuanto se extinga la causa que le dio lugar (es decir, el contrato dura mientras la otra persona está de baja). Diría que eso es independiente de que usted se pueda encontrar de baja por X o Y circunstancia. Estando de baja médica cuando ocurrió la finalización del contrato, sería aconsejable preguntar al médico de familia en qué estado queda su baja médica con esta nueva circunstancia.