A ver, sin ser cliente ni experto, pero aprovechando que en Rankia se leen muchas cosas... ¿no será que, al dar por bueno el registro de movimientos de la cuenta, te sale mal el cálculo de supuestos rendimientos?
Lo digo porque otros han comentado alguna vez en Rankia que el apunte correspondiente a la liquidación de la cuenta incluye el cobro de la comisión de mantenimiento... luego hay otro apunte para el abono de los recibos... y que la comisión de tarjetas tiene apunte propio. Podrías revisar el detalle/extracto de las liquidaciones ;)
Yo lo vi p.ej. aquí y mensajes siguientes:
https://www.rankia.com/foros/bancos-cajas/temas/2860910-comienzan-liquidaciones-cuenta-1-2-3-santander?page=34#respuesta_3500958
Y nada, si no es por eso... pues a ver si te comenta algo alguien que tenga la cuenta y te pueda ayudar a contrastar datos... :)
Saludos
España