Creo que son precisas unas aclaraciones fiscales, por supuesto todas ellas en MI opinión, que puede ser totalmente errónea.
Como norma general, para poder hablar de "operaciones vinculadas" hay que hablar de un requisito indispensable que no se da en este caso: una de las partes en la operación obligatoriamente debe de ser una sociedad. La otra parte debe de ser un socio, un Administrador, un Consejero ... de la misma. Aquí sí que podríamos extendernos sobre las presunciones de onerosidad sin posiblidad de prueba en contra, de las obligaciones de documentación ... pero no es el caso, estamos hablando de dos personas físicas, aunque sean familiares.
El propietario del local puede hacer una cesión gratuita del mismo a un tercero. Son tres los impuestos de los que hay que hablar, con las características especiales por el parentesco de cedente y cesionario. Al final pondré enlace a una consulta vinculante que, por supuesto, lo va a explicar bastante mejor que yo.
1.- IRPF. Al ser una cesión gratuita el cesionario no tendrá ningún gasto que deducir al respecto en sus rendimientos de la actividad. El cedente, por el contrario, tendrá que declarar un rendimiento neto que no puede ser inferior al resultado de aplicar las normas de imputación de rentas inmobiliarias, el 2% o el 1,1% del valor catastral del inmueble. Sí que me atrevo a discrepar en este caso con la consulta vinculante. En ella habla de declarar una renta inmobiliaria imputada, yo pienso (fundamentado en el artículo 24 de la Ley 35/2006) que lo que hay es un rendimiento de capital inmobiliario con un importe mínimo. La diferencia puede hacer variar la obligación de presentación de declaración ... y como digo siempre, donde hay patrón (DGT) no manda marinero ...
2.- IVA. En el supuesto de no ejercer el cedente ninguna actividad económica o profesional y de no estar el local afecto a ninguna de actividad, esa cesión gratuita no está sujeta a este impuesto. El cedente no se constituye en empresario por esa cesión. Sí está sujeta y no exenta en caso contrario, como un autoconsumo, siendo la base imponible el precio de mercado de dicha cesión.
3.- Impuesto de donaciones. Hablando en el mismo supuesto que el caso anterior, no ejercicio, por el cedente, de ninguna actividad económica o profesional. Esa cesión de uso está sujeta y no exenta del impuesto de donaciones. Éste puede resultar simbólico dependiendo de la Comunidad Autónoma, siendo una cesión de padre a hijo. El nombre "técnico" de esa cesión es el de "comodato".
http://petete.meh.es/Scripts/know3.exe/tributos/CONSUVIN/texto.htm?NDoc=10865&Consulta=%2EEN+NUM%2DCONSULTA+%28v0%34%32%35%2D0%38%29&Pos=0&UD=1
Saludos.
PD (edito). Por supuesto siempre hay que poder demostrar que la cesión es gratuita. Un contrato entre padre e hija, indicando que esa cesión es gratuita, y la liquidación del impuesto de donaciones, pienso que deberían de ser prueba suficiente para ello.