El formato NTFS no es nativo de android y teóricamente no se pueden leer unidades con este formato (aunque existen aplicaciones que permiten su lectura).
También existen aplicaciones que permiten formatear los pendrives con este formato, pero ten en cuenta las limitaciones de los pendrives con este formato en Android (no pueden ser leídos de cualquier manera). Creo recordar que debes tener un puerto OTG en el dispositivo android para que esto te funcione.
La diferencia operativa fundamental es que permite ficheros mayores de 4GB.
Salu2.