Vivienda en local no registrado

 Buenas a todos, 

 Estoy pensando en comprar un terreno donde construir una vivienda, y el que más me encaja, resulta que tiene una pequeña edificación tipo nave industrial (un par de paredes y un techo de uralita), pero dicha edificación no aparece en la nota simple y por tanto no está registrada. 

 En el catastro sí que aparece la edificación y data de antes del año 2000, y mi arquitecto me ha dicho que la edificación no incumple ninguna normativa urbanística. 

 ¿Habría algún problema en comprar dicho terreno con vistas a construir una casa? El proyecto para construcción de la vivienda, ¿puede ser de reforma y cambio de uso? Es que no sé si se basa en la realidad, o en lo que figura en el registro. Me resulta raro que se pueda reformar o cambiar el uso de algo que no existe registralmente. 

 ¿Habría alguna diferencia en el proceso si se registra la edificación? ¿Alguien sabe cuánto podría costar aproximadamente?