Te recomiendo la lectura de:
VIVIENDA HABITUAL (art. 53 Rgl.)
Se considera vivienda habitual la edificación que cumpla los siguientes requisitos:
1- Que constituya la residencia del contribuyente durante un plazo continuado de, al menos, tres años.
No obstante, se entenderá que la vivienda tuvo el carácter de habitual cuando, a pesar de no haber transcurrido dicho plazo, se produzca el fallecimiento del contribuyente o concurran otras circunstancias que necesariamente exijan el cambio de domicilio, tales como celebración de matrimonio, separación matrimonial, traslado laboral, obtención del primer empleo, o cambio de empleo, u otras análogas justificadas.
Para los contribuyentes minusválidos, también se considera como circunstancia que necesariamente exige el cambio de vivienda, cuando la anterior resulte inadecuada por razón de la minusvalía.
En estos casos la deducción por adquisición de vivienda se practicará hasta el momento en que se produzca el fallecimiento o se den las circunstancias que necesariamente exijan el cambio de vivienda.
2- Que sea habitada de manera efectiva y con carácter permanente por el propio contribuyente, en un plazo de doce meses, contados a partir de la fecha de adquisición o terminación de las obras.
No obstante, se entenderá que la vivienda no pierde el carácter de habitual cuando se produzcan las siguientes circunstancias:
· Cuando se produzca el fallecimiento del contribuyente.
· Cuando concurran otras circunstancias que necesariamente impidan la ocupación de la vivienda, tales como celebración de matrimonio, separación matrimonial, traslado laboral, obtención del primer empleo, o cambio de empleo, u otras análogas justificadas.
· Para los contribuyentes minusválidos, también se considera como circunstancia que necesariamente impide la ocupación de la vivienda, cuando resulte inadecuada por razón de la minusvalía.
· Cuando el contribuyente disfrute de vivienda habitual por razón de cargo o empleo y la vivienda adquirida no sea objeto de utilización, en cuyo caso el plazo antes indicado comenzará a contarse a partir de la fecha del cese.
En estos casos, la deducción por adquisición de vivienda se practicará hasta el momento en que se den las circunstancias que necesariamente impidan la ocupación de la vivienda, salvo cuando el contribuyente disfrute de vivienda habitual por razón de cargo o empleo, en cuyo caso podrá seguir practicando deducciones por este concepto mientras se mantenga dicha situación y la vivienda no sea objeto de utilización.
Y también la lectura de:
ADQUISICIÓN O REHABILITACIÓN DE LA VIVIENDA HABITUAL CON FINANCIACIÓN AJENA (art. 69.1.1º y 79 Ley)
Salvo circunstancias extraordinarias desconocidas, yo deduzco que la Agencia Foral tiene razón al reclamarte por las implicaciones autonómicas que conlleva.