Me parece que no podrás, porque si fuera legal convertir parte de la azotea en vivienda, las cuotas de participación en la comunidad de propietarios del edificio iban a variar, es decir habría que repartir de nuevo los porcentuales para todo el edificio y para ello (modificar la división horizontal) precisarias del acuerdo de todos los propietarios.
Si no es necesario tal cambio porque lo metros de tu propiedad no varian, es solo que una parte es cubierto, cuando no lo era, se trata de dar de alta la obra nueva ante notario, pero claro, dicha obra debe estar de acuerdo con la regñlamentación municipal, y disponer del oportuno permiso de obra, que me temo no tienes, aunque si esta ampliación estuvidera registrada catastralmente a tu favor, tal vez tengas una pequeña oportunidad, pero sigo pensando que las cuotas de participación en la comunidad van a variar, con lo cual estamos en lo de antes.
Si no hay permiso de obra ni posibilidad de obtenerlo, como han pasado más de 4 años, el Ayuntamiento no va a conseguir nunca ejecutar una orden de derribo, pero no te reconocerá nunca el hecho existente, con lo cual no puedces escriturar eso ... por lo tanto esto a efectos "de papeles" no existe, de tasación tampoco, está ahí pero no es legal, aunque tampoco lo pueden derribar por prescripción de la infracción urbanística (los 4 años) .....
Esto es como cuando uno vende una vivienda de protección oficial, por encima del precio igualmente oficial ... no puede hacerlo, pero si alguien tiene tanto interés en aquella casa y paga tal diferencia, pues eso, tratos entre comprador y vendedor. Pero no le tasaran eso a valor superior ... es lo que es .... salvo que uno descalifique la protección, devuelva las subvenciones recibidas (con intereses), sea un tipo de protección que lo permita y entonces ya no es de pretección oficial.