Lo de que queda AFECTA no tienes por qué preocuparte, como tú bien dices, es la historia del piso, cada vez que hay una nueva compra-venta te aparacerá una nueva entrada en el registro, ésto quiere decir que hacienda te puede reclamar, normalmente durante 5 años despues de cada "afección" el impuesto de actos jurídicos si considera que lo que has declarado no se ajusta a la realidad.
Por ej. un piso que vale 300.000€ si lo declaras como 200.000€ no te van a decir nada pero si lo declaras como 60.000 ahí si te pueden decir algo.
En cuanto a la cancelación registral de la hipoteca no tiene ninguna importancia que la hagas, lo único que ocurre es que te va a seguir apareciendo en el registro que tu piso está gravado con una hipoteca, ésto tiene su importancia si en un futuro quieres vender el piso ya que el nuevo comprador te va a exigir que la canceles y te va a costar dinero, si bien pasado determinados años, no me acuerdo si son 20 con una nota simple del notario no te cobrarían nada.
Así que para evitarte quebraderos de cabeza futuros, coméntaselo con el vendedor, cuando hagais la escritura de compra-venta en el notario, que deje una cantidad a cuenta en concepto de la cancelación registral y con ese dinero vas tú mismo al registro y haces el trámite ya que eres el interesado, porque si dejas que lo haga el vendedor después de haberle pagado, al no tener ya ninguna obligación, lo más normal es que al haber cogido la pasta no se complique en soltar un dinero para la cancelación en el registro, a no ser que tengas mucha confianza en él.
Saludos
