Amortización 3% alquiler de piso con cuota de usufructo heredado

En un caso de un inmueble alquilado con diferentes cuotas de propiedad plena, propiedad plena heredada y usufructo heredado, tenemos una duda sobre la amortización del 3%.
Las cuotas de propiedad serían:

Madre: 50% plena propiedad adquirida en gananciales + 12.5% usufructo viudal.
Hija1: 18.75% plena propiedad heredada
Hija2: 18.75% plena propiedad heredada.

Entiendo que en el caso de las hijas se puede aplicar el 3% sobre la cuota de propiedad correspondiente (18.75%) siguiendo el valor de construcción del piso que aparece en el catastro (ya que este valor es mayor que lo que se pagó en el Impuesto de Sucesiones por este piso).
En el caso de la madre viuda, resulta mejor aplicar el 3% al 50% del coste de adquisición inicial del piso (sumando gastos notaría, Impuesto, etc..) y prorrateando el valor de construcción según la proporción construcción/suelo del catastro.
Pero, ¿se puede amortizar algo por su cuota de usufructo viudal, teniendo en cuenta que a ella no le dio a pagar nada por heredar este usufructo en el Impuesto de Sucesiones? Me pareció leer en el Manual de Renta (y después lo corroboré en la Ley y el Reglamento) que en el caso de usufructos solo se puede aplicar el porcentaje de amortización SOBRE el coste de adquisición de dicho usufructo "cuando ha habido un coste por heredar el usufructo", pero no se menciona la alternativa del catastro, como sí ocurre en el caso de plena propiedad heredada o no. Dentro del apartado donde se explica lo de la amortización se hace esta distinción específica cuando hay un usufructo sobre el inmueble puesto en alquiler y esto nos ha hecho dudar. En una pregunta rápida que hicimos en Hacienda la persona que nos atendió pareció indicar que sí se podría añadir a la amortización del 3% sobre el 50% del valor inicial de adquisición la otra amortización del 3% sobre la cuota viudal aplicada al valor de construcción que aparece en el catastro, pero como en el Reglamento no lo veo muy claro, me gustaría contar con la opinión de algún experto. No queremos meter la pata al hacer la Declaración.
Muchas gracias.

Llevas razón. Por la parte recibida en usufructo, solo es amortizable el 3 % de lo que correspondiese a "edificación", respecto del coste real al establecer tal usufructo.

Lo que sí hay que mirar es que una cosa es que por pacto interno la madre no haya pagado nada, y otra cosa es que no le corresponda parte del coste.

Posiblemente por ISD le salga cuota 0,00.

Pero el total de la operación tuvo unos costes de notaría, registro y gestoría. Y la parte de la madre tendría un determinado valor, respecto del total de la masa hereditaria.

Efectivamente mi madre no tuvo que pagar nada por su Impuesto de Sucesiones. Ella recibió la cuota correspondiente de usufructo en dinero e inmuebles, pero el Impuesto no le dio a pagar, lo que significa que no tuvo que pagar nada por ese usufructo (todo lo que ella adquirió en usufructo tiene un valor, claro, pero esto es diferente del coste real pagado o no por el Impuesto, que en su caso fue 0€, y por lo que he entendido después de lo que estuve investigando por mi cuenta, es lo que se paga por el Impuesto lo que cuenta a efectos de amortización en el caso de inmuebles heredados y puestos en alquiler). Por eso como leí en el Manual y la Guía de Renta2013 que en el caso de usufructo solo se puede amortizar el 3% si ha habido un coste en la adquisición de ese usufructo, sin mencionar la opción del catastro, que sí se menciona en otros casos de plena propiedad, me entró la duda. Y en Hacienda me liaron un poco también. Mi hermana y yo, por ejemplo, haciendo cuentas para calcular la parte que pagamos en el Impuesto de Sucesiones correspondiente al inmueble que tenemos alquilado, nos sale bastante mejor tirar del 3% sobre nuestra respectiva cuota sobre el valor de construcción establecido en el catastro.
Por supuesto nos gustaría poder amortizar algo por esa cuota de usufructo, pero si no es 100% legal en este caso (pese a que en Hacienda sugerían que sí se podía hacer) supongo que será mejor dejar pasar el usufructo y amortizar la cuota correspondiente de la plena propiedad... No queremos problemas para justificar estas cosas ante un posible requerimiento.
Corríjanme si me equivoco en mis anotaciones.

Coste de adquisición es tanto lo pagado por ISD, como los gastos inherentes a esa adquisición.

Si del 100 % del caudal relicto a tu madre le correspondió un 5 % (por poner una cifra), quiere decir que le corresponde a ella un 5 % del coste del notario, un 5 % del coste del registro de la propiedad, un 5 % del coste de gestoría,...

Otra cosa es que en las liquidaciones del ISD, a unos les saliese cuota positiva, y a ella cuota 0.

Posiblemente es muy poco, y el 3 % de ese muy poco sea casi testimonial.

La norma fiscal sobre deducción de la amortización viene a decir:
Si es tuyo y te costó algo, el 3 % de ese algo, con el mínimo del valor catastral.
Si no es tuyo, y te costó algo, el 3 % de ese coste. Y si no te costó nada, el 3 % de nada.

Muchas gracias por la respuesta. Como no hemos hecho el Registro de la propiedad (de momento no tenemos intención de vender, así que lo dejaremos para más adelante), es cierto que la parte que correspondería a mi madre en la valoración del usufructo (un 3.5%) es nimio si se aplica sobre otros gastos que se tuvieron para liquidar el Impuesto de Sucesiones (gestoría, etc.) y a su vez sobre la proporción de esos gastos que correspondería a este inmueble (creo que ni siquiera tenemos la factura de gestoría.), así que posiblemente haremos lo que habíamos pensado. Mi madre amortizará el 3% sobre el valor de construcción del piso (en su caso ella pagó el 50% del piso) y mi hermana y yo por nuestras cuotas correspondientes aplicadas sobre el valor de construcción del catastro.