La comisión de custodia y depositaria de los fondos será deducible

No, no puedes incluir la custodia del año pasado en la declaración de este, salvo que ya la hubieras incluido el año pasado y hubiera quedado pendiente para los cuatro próximos años.
Lo que sí puedes hacer es una rectificación o algo así (no sé el nombre técnico) de tu declaración del año pasado, para que Hacienda te devuelva la diferencia o queden pendientes para incluirlas este año, si el pasado no había de dónde desgravar.

Yo de hecho la vengo deduciendo desde hace años y jamás me han dicho nada. Este año me han devuelto en días.

PD: Resta, por ejemplo, de los intereses de los depósitos. Cada año son menores, pero bueno, algo se sigue sacando entre todos, lo suficiente para compensar las comisiones y recuperarlas parcialmente.

Buenas, una duda, estas comisiones se deducen una vez se reembolsan los fondos? o si no he reembolsado nada también se pueden incluir en la Declaración para pagar menos o que me devuelvan más?

Muchas gracias!

Muchas gracias. No me merece la pena meterme en jaleos para una cantidad pequeña. Procuraré estar más pendiente e ir incluyendo cada año las que correspondan.
Yo pensaba un poco lo que dice @enchinada, que se desgravaban cuando se reembolsaban los fondos, pero ya he visto que no es así, que se desgravan año a año.