Modelo 190 no concide con certificado de retenciones

Hola, resulta que hemos cometido algún error con el programa de nóminas y se envió un 190 con más percepciones a un trabajador de las que realmente tiene a tenor del certificado de retenciones. La AEAT le obbliga a pagar 1.000 Euros, y no sé qué hacer, si darle el certificado de retenciones correcto para que modifique su declaración de la renta y luego hacer nosotros una complementaria/sustitutiva del 190. Estoy un poco perdida. Será mucho follón??? Muchas gracias.

Deberéis de presentar un nuevo modelo 190 y entregar el certificado correcto al trabajador.

Saludos.