Hola,
En principio, se debería declarar por mitades. Ahora bien, si nunca os requieren información, y no obtienen el contrato por otra vía, puede ser que antes de la prescripción nunca os regularicen la situación. Por tanto, eres tú el que debes valorar si merece la pena "jugártela" y confeccionar de manera contraria a la normativa (conociendo que, si te sale mal, además de devolver la diferencia de la que te has aprovechado, debes asumir una posible sanción). El hecho de que el pago lo hagas tú desde una cuenta bancaria de tu propiedad no influye en absoluto.
De todas formas (te pongo el ejemplo de la Comunidad de Madrid) esta deducción esta limitada a 1.200€ anuales de manera individual, siempre que se abone más de esa cuantía en concepto de alquiler. Por tanto, si la mitad del alquiler supone más de 1.200€ anuales, tu estarías topado, es decir, aunque a tu mujer no le beneficie, si tu declarases su parte como tuya, lo máximo a restar sobre la cuota íntegra será esos 1.200€ anuales.
Por tanto, solo te beneficiaría si la mitad de la anualidad del alquiler es inferior a 1.200€ (te repito, ejemplo de Madrid, en tu Comunidad puede ser distinta cuantía, pero esta limitación deberá ser parecida), pues tú si podrías aprovechar la diferencia entre el tope y la mitad de la renta (reitero, si esta última es inferior).
Un saludo,