Cuenta con doble titularidad

Si, se puede. En caso de requerimiento tendrías que demostrar que ese dinero es solo tuyo. Para evitar esas presunciones, no se debe ser titular de cuentas en las que no se aporta dinero, para algo está la figura del autorizado

Pásalo poco a poco y posiblemente no se enteren, si ocurre, como se sabe el remitente de esos ingresos: tu empresa ...

Yo daría el consejo opuesto, pasarlo todo de golpe, en caso de requerimiento se puede demostrar el origen del dinero y por tanto, la no existencia de donación de la operación. Hacerlo poco a poco es indicio de justo lo contrario, yo prefiero ir con la verdad por delante, luego es mas fácil defenderse y justificarse si lo que haces refleja la realidad sin subterfugios.

Tal y como lo plantea parece que será muy fácil justificar el origen de los fondos que quiere trasladar de una cuenta a otra, con lo cual, aunque exista el riesgo de requerimiento por parte del banco lo más fácil es que mueva todo el dinero que necesite en un solo movimiento.
Si el banco le pide justificación puede presentar las nominas y asunto solucionado.
De todos modos, como bien apunta leopol72 en un futuro tenga en cuenta la figura del autorizado para evitar estas preocupaciones.
Espero que pueda solucionar este asunto sin incidencias :)